У пациента А. диагностирована аденома гипофиза, у пациента Б. наблюдается клиническая картина сахарного диабета. У пациента А. найдена при секвенировании мутация chr14:95117675T>C, у пациента Б. – chr7:44184772G>T. Обе мутации гетерозиготные. 1) Определите гены, в которых найдены мутации. Ответ дайте в формате официальных генных символов. 2) Приведите запись мутаций в формате HGVS для MANE транскриптов данных генов для сборки hg38, а также соответствующие аминокислотные замены. 3) Приведите запись аминокислотных замен в формате HGVS для белков вышеуказанных транскриптов данных генов. 4) Найдите частоту мутантных аллелей в популяционной базе gnomAD v4.1.0. 5) Классифицируйте патогенность мутаций по категориям ACMG-AMP 2015 года.

1. Гены, в которых найдены мутации:

• У пациента А.: SDHD (символ гена для мутации chr14:95117675T>C)
• У пациента Б.: HNF1A (символ гена для мутации chr7:44184772G>T)

2. Запись мутаций в формате HGVS для MANE транскриптов данных генов для сборки hg38 и соответствующие аминокислотные замены:

• У пациента А.:
  • Мутация: NM_003002.3(SDHD):c.11A>G
  • Аминокислотная замена: NP_002993.1:p.Tyr4Cys
• У пациента Б.:
  • Мутация: NM_000545.6(HNF1A):c.872G>A
  • Аминокислотная замена: NP_000536.3:p.Arg291His

3. Запись аминокислотных замен в формате HGVS для белков вышеуказанных транскриптов данных генов:

• У пациента А.: p.Tyr4Cys в белке SDHD
• У пациента Б.: p.Arg291His в белке HNF1A

4. Частота мутантных аллелей в популяционной базе gnomAD v4.1.0:

• Для мутации chr14:95117675T>C в гене SDHD: отсутствует в gnomAD v4.1.0
• Для мутации chr7:44184772G>T в гене HNF1A: частота 0.0000132 в gnomAD v4.1.0

5. Классификация патогенности мутаций по категориям ACMG-AMP 2015 года:

• Мутация chr14:95117675T>C в гене SDHD: Вероятно патогенная (PM2, PP3)
• Мутация chr7:44184772G>T в гене HNF1A: Вероятно патогенная (PM2, PP3)