создать программу, которая будет читать из файла, обрабатывать его содержимое с помощью одного из ключей и записывать результат в новый файл.

Для этого можно использовать Python. Ниже приведен пример программы, которая считывает содержимое файла, применяет шифрование Цезаря с заданным сдвигом к каждому символу и записывает результат в новый файл:

def caesar_cipher(text, shift):
    result = ''
    for char in text:
        if char.isalpha():
            shifted_char = chr((ord(char) - ord('a') + shift) % 26 + ord('a')) if char.islower() else chr((ord(char) - ord('A') + shift) % 26 + ord('A'))
            result += shifted_char
        else:
            result += char
    return result

input_file = 'input.txt'
output_file = 'output.txt'
shift = 3

with open(input_file, 'r') as file:
    text = file.read()

encrypted_text = caesar_cipher(text, shift)

with open(output_file, 'w') as file:
    file.write(encrypted_text)

print('Файл успешно обработан и результат записан в output.txt')

Прежде чем запустить эту программу, создайте файл input.txt с текстом, который вы хотите обработать. После запуска программы, результат будет записан в файл output.txt. В данном примере используется шифр Цезаря с сдвигом 3, но вы можете изменить значение переменной shift на любое другое целое число.