// Создаем прямоугольники
var doc = app.activeDocument;
var rect1 = doc.pathItems.rectangle(100, 100, 50, 50);
var rect2 = doc.pathItems.rectangle(200, 200, 50, 50);
var rect3 = doc.pathItems.rectangle(300, 300, 50, 50);

// Группируем прямоугольники
var groupItems = doc.groupItems.add();
groupItems.name = "Group";
groupItems.pageItems.add(rect1);
groupItems.pageItems.add(rect2);
groupItems.pageItems.add(rect3);