Плазмиду pUC19 (2686 пн) гидролизовали рестриктазой AceIII до полного расщепления. Известно, что реакционная смесь объемом 60 мкл содержала 2024 нг плазмиды. Задача. Определите минимальный объем реакционной смеси, который необходимо нанести на 1 % агарозный гель, чтобы визуализировать самый короткий фаргмент. Очень важно правильно подобрать правильное количество ДНК для нанесения на агарозный гель, от этого зависит степень визуализации и верная интерпретация результатов рестрикции. При «перегрузе» (слишком большом количестве нанесенной ДНК) будет сложно разделить продукты схожей длины. Кроме того, визуализация при помощи бромистого этидия имеет чувствительность 50 нг ДНК на дорожку, меньшее количество для фрагментов короче 50 пн будет невозможно задетектировать. В ответе укажите объем реакционной смеси в мкл в виде целого натурального числа (при необходимости округлите до ближайшего целого числа).

Для определения минимального объема реакционной смеси, необходимого для нанесения на 1% агарозный гель, чтобы визуализировать самый короткий фрагмент, нужно учесть следующее:

1. Сначала найдем длину самого короткого фрагмента, который образуется при рестрикции плазмиды pUC19 рестриктазой AceIII. Для этого вычтем из общей длины плазмиды (2686 пн) длину фрагмента, который образуется при расщеплении AceIII. Длина фрагмента, который образуется при расщеплении AceIII, равна 2686 - 2024 = 662 пн.

2. Теперь учтем чувствительность визуализации при помощи бромистого этидия, которая составляет 50 нг ДНК на дорожку. Таким образом, минимальное количество ДНК для визуализации должно быть не менее 50 нг.

3. Найдем объем реакционной смеси, содержащий минимальное количество ДНК для визуализации самого короткого фрагмента. Для этого поделим минимальное количество ДНК (50 нг) на концентрацию ДНК в реакционной смеси (2024 нг / 60 мкл) и умножим на объем реакционной смеси, необходимый для визуализации самого короткого фрагмента.

(50 нг / (2024 нг / 60 мкл)) * 662 пн = 16,4 мкл

Ответ: минимальный объем реакционной смеси, который необходимо нанести на 1% агарозный гель, чтобы визуализировать самый короткий фрагмент, составляет 17 мкл.