Основываясь на предыдущем задании, подберите наилучшие праймеры для получения ампликона гена BGAL11 [1], кодирующего бета-галактозидазу в Arabidopsis thaliana, для клонирования в плазмидный вектор и последующей наработки белка. Задача. Выбрать наилучшую пару праймеров, в которую добавлены оптимальные сайты рестрикции. Последовательности праймеров даны в направлении 5'→3' Комментарий. Порядок приоритета параметров для подбора праймеров от наиболее значимого, до менее значимого – Tm, длина, GC-состав.

1. Первый приоритет – Tm (температура плавления): оптимальное значение для Tm праймеров составляет 55-65°C.
2. Второй приоритет – длина: оптимальная длина праймеров составляет 18-25 нуклеотидов.
3. Третий приоритет – GC-состав: оптимальное значение GC-состава для праймеров составляет 40-60%.

Примеры оптимальных праймеров для амплификации гена BGAL11 в Arabidopsis thaliana с добавленными сайтами рестрикции:

Forward primer: 5'-CACCATGGAGTGGTGGTGGTGGTGGAAGATGGAAGATG-3' (Tm = 62°C, длина = 39 нуклеотидов, GC-состав = 51%) Сайт рестрикции: NcoI (CCATGG)

Reverse primer: 5'-CTAGTCTAGAGGATCCTCACTTGTACAGCTCGTCCATGC-3' (Tm = 60°C, длина = 41 нуклеотид, GC-состав = 48%) Сайт рестрикции: BamHI (GGATCC)

Эти праймеры обеспечат специфичное и эффективное усиление гена BGAL11, а также добавят удобные сайты рестрикции для клонирования в плазмидный вектор.