Федеральные службы и агентства имеют организационные отношения с Правительством РФ в соответствии с законодательством и указами Президента РФ. Они подчиняются непосредственно Правительству и исполняют его указания и решения. Федеральные службы и агентства также предоставляют информацию и отчеты о своей деятельности Правительству и участвуют в разработке и реализации государственных программ и стратегий. Кроме того, они могут взаимодействовать с другими органами исполнительной власти и участвовать в межведомственных комиссиях и рабочих группах по решению конкретных задач и проблем.