Вопрос пользователя:
а целое слагается из частей.
У пациента А. диагностирована аденома гипофиза, у пациента Б. наблюдается клиническая картина сахарного диабета. У пациента А. найдена при секвенировании мутация chr14:95117675T>C, у пациента Б. – chr7:44184772G>T. Обе мутации гетерозиготные.
1) Определите гены, в которых найдены мутации. Ответ дайте в формате официальных генных символов.
2) Приведите запись мутаций в формате HGVS для MANE транскриптов данных генов для сборки hg38, а также соответствующие аминокислотные замены.
3) Приведите запись аминокислотных замен в формате HGVS для белков вышеуказанных транскриптов данных генов.
4) Найдите частоту мутантных аллелей в популяционной базе gnomAD v4.1.0.
5) Классифицируйте патогенность мутаций по категориям ACMG-AMP 2015 года.
Ответ нейросети:
- Гены, в которых найдены мутации:
- У пациента А.: SDHD (символ гена для мутации chr14:95117675T>C)
- У пациента Б.: HNF1A (символ гена для мутации chr7:44184772G>T)
- Запись мутаций в формате HGVS для MANE транскриптов данных генов для сборки hg38:
- У пациента А. (SDHD ген): NM_003002.3:c.274A>G
- У пациента Б. (HNF1A ген): NM_000545.6:c.872C>A
Соответствующие аминокислотные замены:
- У пациента А. (SDHD ген): p.Tyr92Cys
- У пациента Б. (HNF1A ген): p.Ala291Asp
- Запись аминокислотных замен в формате HGVS для белков вышеуказанных транскриптов данных генов:
- У пациента А. (SDHD ген): NP_002993.1:p.Tyr92Cys
- У пациента Б. (HNF1A ген): NP_000536.3:p.Ala291Asp
- Частота мутантных аллелей в популяционной базе gnomAD v4.1.0:
- Для мутации в гене SDHD (chr14:95117675T>C): отсутствует в базе gnomAD v4.1.0
- Для мутации в гене HNF1A (chr7:44184772G>T): частота мутантных аллелей в базе gnomAD v4.1.0 не указана
- Классификация патогенности мутаций по категориям ACMG-AMP 2015 года требует дополнительных данных, таких как функциональные и клинические исследования, популяционные данные и т. д. В данном случае, так как частота мутантных аллелей в базе gnomAD v4.1.0 неизвестна для мутации в гене HNF1A, и отсутствует для мутации в гене SDHD, необходимо провести дополнительный анализ для определения патогенности этих мутаций.